做好了这些铺垫后，布木布泰便开始着手与多尔衮谈判。她知道，多尔衮是这场权力斗争的关键，只有说服多尔衮支持福临，福临才能顺利继位。布木布泰通过苏麻喇姑，秘密约见了多尔衮。
在那次密谈中，布木布泰向多尔衮分析了利弊：若多尔衮强行争夺皇位，必然会与豪格爆发内战，到时候不仅大清会陷入分裂，多尔衮也可能落得身败名裂的下场；若他支持福临继位，便可以辅政王的身份掌控实权，既避免了内战，又能实现自己的政治抱负。布木布泰还向多尔衮承诺，若福临继位，她会全力支持多尔衮辅政，确保他的权力和地位。
多尔衮是一个极具政治智慧的人，他深知布木布泰所言非虚。经过深思熟虑后，他最终同意了布木布泰的提议。当然，也有野史传闻说，布木布泰为了说服多尔衮，不惜以身相许，甚至下嫁给了多尔衮。但根据正史记载，这种说法并无依据。布木布泰与多尔衮之间，更多的是政治盟友的关系，而非男女之情。
崇德八年八月十四日，八旗贵族们在崇政殿召开会议，商议皇位继承事宜。会议一开始，豪格便派手下的大臣发言，主张“立先帝之子”，试图逼迫多尔衮让步。多尔衮则针锋相对，主张“立贤不立长”，暗示自己更适合继承皇位。双方争论不休，气氛十分紧张。
就在这时，索尼和鳌拜突然拔出佩剑，大声说道：“我们深受先帝恩惠，若不立先帝之子，我们便以死殉葬！”两黄旗的将士们也纷纷拔出佩剑，以示抗议。多尔衮见形势不妙，知道若再坚持争夺皇位，必然会引发内战。于是，他当即提出，立皇太极的第九子福临为帝，由自己和郑亲王济尔哈朗共同辅政。
豪格见多尔衮退让，又担心若再坚持，会失去两黄旗的支持，只好同意了多尔衮的提议。就这样，六岁的福临被推上了皇位，改元顺治。布木布泰被尊为圣母皇太后，与皇后哲哲并称“两宫皇太后”。
顺治元年四月，多尔衮率领大军入关，击败了李自成的农民起义军，攻占了北京。同年九月，顺治帝迁都北京，开启了大清入主中原的历史。布木布泰也随顺治帝来到了北京，住进了紫禁城的慈宁宫。
虽然福临已经登上了皇位，但布木布泰知道，真正的权力还掌握在多尔衮手中。多尔衮凭借着辅政王的身份，独揽大权，飞扬跋扈，甚至将顺治帝当作傀儡。他不仅给自己加封为“皇叔父摄政王”，后来又加封为“皇父摄政王”，礼仪排场都与皇帝无异。
布木布泰看在眼里，急在心里。她知道，若不尽快削弱多尔衮的权力，顺治帝的皇位迟早会被多尔衮篡夺。但她也清楚，多尔衮手握重兵，威望极高，现在还不是与他正面冲突的时候。因此，她只能暂时隐忍，一方面教导顺治帝要学会隐忍，不要与多尔衮发生正面冲突；另一方面，她暗中培养自己的势力，等待时机。
顺治五年，多尔衮以豪格“图谋不轨”为由，将豪格囚禁起来。布木布泰得知后，急忙派人去劝说多尔衮，希望他能放过豪格。但多尔衮根本不听，最终豪格在狱中被折磨致死。这件事让布木布泰更加清楚，多尔衮已经越来越肆无忌惮，必须尽快采取行动。
顺治七年十二月，多尔衮在喀喇城狩猎时，不慎坠马受伤，不久后便病逝了。这个消息传来，布木布泰终于松了一口气。她知道，自己等待的时机终于来了。多尔衮病逝后，布木布泰立即协助顺治帝亲政，开始着手清理多尔衮的残余势力。
顺治帝首先下令剥夺多尔衮的“皇父摄政王”封号，将他的家产抄没，党羽全部治罪。随后，顺治帝又重新任命了朝廷官员，将权力收回到自己手中。在这个过程中，布木布泰始终在背后为顺治帝出谋划策，帮助他稳定了政局。经过一系列的整顿，顺治帝终于真正掌握了大清的最高权力。
顺治帝亲政时，年仅十四岁。布木布泰深知，治理一个庞大的帝国并非易事，因此她对顺治帝的教育十分严格。她为顺治帝挑选了最好的老师，教导他学习满汉文化、经史子集和治国之道。同时，她还常常亲自教导顺治帝如何处理政务，如何驾驭群臣。
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在布木布泰的悉心教导下，顺治帝进步很快。他不仅精通满汉文化，还展现出了卓越的政治才能。顺治帝亲政后，采取了一系列有利于国家发展的措施：他整顿吏治，严惩贪官污吏；他减轻赋税，安抚百姓；他重用汉臣，缓和满汉矛盾。在他的治理下，大清的政局逐渐稳定，经济也开始慢慢恢复。
然而，随着顺治帝的成长，他与布木布泰之间的矛盾也逐渐显现出来。顺治帝是一个性格十分倔强的人，他渴望独立，希望能够按照自己的意愿治理国家。但布木布泰多年来习惯了掌控局面，总是不自觉地干涉顺治帝的决策。母子俩常常因为政务上的事情发生争执。
其中，最让母子俩产生嫌隙的，是顺治帝的婚姻问题。布木布泰为了巩固科尔沁部与大清的联盟，希望顺治帝能娶科尔沁部的女子为皇后。顺治帝亲政后，布木布泰便为他挑选了自己的侄女，科尔沁部卓礼克图亲王吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后。
但顺治帝对这位皇后十分不满。他认为博尔济吉特氏“妒嫉成性，奢侈无度”，根本不适合做皇后。顺治帝多次向布木布泰提出要废黜皇后，但都遭到了布木布泰的反对。布木布泰对顺治帝说：“皇后是科尔沁部的公主，废黜皇后不仅会伤害科尔沁部的感情，还会影响大清与蒙古各部的联盟。你身为天子，不能只考虑自己的喜好，还要以国家利益为重。”
顺治帝根本听不进布木布泰的劝告，他坚持要废黜皇后。最终，在顺治十年八月，顺治帝以“皇后无能”为由，正式废黜了博尔济吉特氏的皇后之位，将她降为静妃，迁居侧宫。这件事让布木布泰十分伤心，也让母子俩的关系降到了冰点。
废黜皇后后，顺治帝并没有按照布木布泰的意愿，再娶科尔沁部的女子为皇后。而是在顺治十一年，娶了科尔沁部镇国公绰尔济的女儿博尔济吉特氏为皇后。但顺治帝对这位新皇后也并不满意，母子俩之间的矛盾依旧没有得到缓解。
就在这时，董鄂妃的出现，让顺治帝的生活发生了巨大的改变。董鄂妃是内大臣鄂硕的女儿，原本是顺治帝的弟弟博穆博果尔的妻子。顺治帝在一次宫廷宴会上见到董鄂妃后，便被她的温柔贤淑、才华横溢所吸引。两人很快便陷入了热恋。
顺治十三年，顺治帝不顾群臣的反对，将董鄂妃接入宫中，封为贤妃。一个月后，顺治帝又将董鄂妃晋封为皇贵妃，礼仪排场都与皇后无异。顺治帝对董鄂妃宠爱有加，几乎将所有的心思都用在了她的身上。他常常与董鄂妃一起读书、写字、下棋，两人的感情十分深厚。
布木布泰对顺治帝宠爱董鄂妃十分不满。她认为董鄂妃是“祸乱后宫”的红颜祸水，会影响顺治帝处理政务。同时，她也担心顺治帝因为宠爱董鄂妃，而忽视了与蒙古各部的联盟。因此，布木布泰多次劝说顺治帝要疏远董鄂妃，但顺治帝根本不听，反而与布木布泰的关系更加疏远。
顺治十四年，董鄂妃为顺治帝生下了一个儿子。顺治帝欣喜若狂，将这个儿子视为掌上明珠，甚至打算立他为太子。但不幸的是，这个孩子出生仅三个月便夭折了。董鄂妃因此深受打击，一病不起。顺治帝为了安慰董鄂妃，将这个孩子追封为荣亲王，并为他举行了隆重的葬礼。
顺治十七年八月，董鄂妃在承乾宫病逝，年仅二十二岁。董鄂妃的去世，让顺治帝陷入了巨大的悲痛之中。他不仅为董鄂妃举行了隆重的葬礼，还追封她为孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后。此后，顺治帝终日郁郁寡欢，无心处理政务，甚至产生了出家为僧的念头。
布木布泰得知顺治帝的想法后，十分着急。她知道，顺治帝是大清的皇帝，若他出家为僧，将会导致大清的政局动荡。因此，她急忙派人去劝说顺治帝，希望他能以国家为重，放弃出家的念头。同时，她还请来了高僧玉林通琇，让他为顺治帝讲经说法，开导顺治帝。
在布木布泰的劝说和玉林通琇的开导下，顺治帝最终放弃了出家的念头。但他的身体却因为过度悲痛而越来越差。顺治十八年正月，顺治帝染上了天花，病情十分严重。布木布泰得知后，日夜守在顺治帝的病床前，悉心照料他。
在顺治帝弥留之际，布木布泰知道，必须尽快确定皇位继承人，以稳定政局。当时，顺治帝有八个儿子，但大多年幼。其中，年龄最大的是次子福全，年仅九岁；三子玄烨，年仅八岁。
布木布泰经过深思熟虑后，认为玄烨聪明伶俐，又曾得过天花，有免疫力，是最合适的皇位继承人。布木布泰将自己的想法告诉了顺治帝，顺治帝也十分认同。他立即召来翰林院掌院学士王熙和内阁学士麻勒吉，让他们起草遗诏，立玄烨为皇太子，由索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四位大臣辅政。顺治十八年正月初七，顺治帝在养心殿病逝，享年二十四岁。