起初，武元帝（杨忠）曾迎接司马消难，和他结为兄弟，交情十分深厚，隋文帝也常常以叔父之礼侍奉他。等到平定陈国，司马消难被押送到长安，隋文帝特意免除他的死罪，将他发配为乐户，二十天后又赦免了他，还因旧日恩情召见他；不久司马消难在家中去世。
庚戌日，隋文帝亲临广阳门，宴请出征将士，从广阳门外起，道路两旁堆积着布帛，一直延伸到城南外郭。隋文帝按等级对将士们进行赏赐，总共用去三百多万段布帛；下令陈国旧境免除十年赋税徭役，其余各州免除当年的租赋。
乐安公元谐进言说：“陛下的威德远播四方，臣先前请求任命突厥可汗为候正，陈叔宝为令史，如今可以采纳臣的建议了。” 隋文帝说：“朕平定陈国，本是为了铲除叛逆，不是想要夸耀虚妄的名声。你所上奏的建议，完全不合朕的心意。突厥人不熟悉中原的山川地形，怎能担任警戒斥候；陈叔宝昏聩嗜酒，哪里还能胜任差遣！” 元谐默默退下。
辛酉日，隋文帝晋升杨素的爵位为越公，任命他的儿子杨玄感为仪同三司，杨玄奖为清河郡公；赏赐杨素一万段布帛、一万石粟米。又让贺若弼登上皇帝的宝座，赏赐他八千段布帛，晋升为上柱国，爵位晋为宋公。还分别额外赏赐二人金银珠宝，以及陈叔宝的妹妹为妾。
贺若弼和韩擒虎在隋文帝面前争功。贺若弼说：“臣在蒋山拼死力战，击破陈军精锐，生擒其骁勇将领，宣扬我朝威武，才得以平定陈国；韩擒虎几乎没有和敌军交战，岂能与臣相比！” 韩擒虎反驳说：“我原本奉陛下明确旨意，命臣和贺若弼同时合兵攻取伪都建康，贺若弼却敢擅自提前进军，遇到敌军就贸然交战，致使我军将士伤亡惨重。臣率领五百轻骑，兵不血刃，径直攻取金陵，降服任蛮奴，生擒陈叔宝，占据其府库，捣毁其巢穴。贺若弼到傍晚才攻打北掖门，是臣打开城门接纳他入城的。他连补救自己的罪过都来不及，怎能和臣相提并论！” 隋文帝说：“二位将军都立下了上等功勋。” 于是晋升韩擒虎为上柱国，赏赐八千段布帛。有关部门弹劾韩擒虎放纵士兵，奸淫玷污陈朝皇宫；因此韩擒虎没能得到爵位和食邑的加封。
隋文帝加封高颎为上柱国，晋爵为齐公，赏赐九千段布帛。隋文帝慰劳他说：“你讨伐陈国之后，有人诬告你谋反，朕已经将诬告者斩首。君臣之间情投意合，不是小人的谗言所能离间的。” 隋文帝从容地让高颎和贺若弼议论平定陈国的功劳，高颎说：“贺若弼先献上十条计策，后来又在蒋山苦战破敌。臣不过是一介文吏，怎敢和大将争论功劳！” 隋文帝大笑，称赞他懂得谦让。
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隋文帝当初讨伐陈国时，曾派高颎向上仪同三司李德林询问作战方略，然后转授给晋王杨广；到这时，隋文帝要奖赏李德林的功劳，任命他为柱国，封为郡公，赏赐三千段布帛。敕令已经宣读完毕，有人劝说高颎：“如今把功劳都归于李德林，众将领必定会心怀愤懑，而且后世会觉得你这次出征徒劳无功。” 高颎入宫向隋文帝进言，于是停止了对李德林的封赏。
隋文帝任命秦王杨俊为扬州总管，统管四十四州军事，镇守广陵。晋王杨广返回并州。
晋王杨广当初诛杀陈朝五位奸佞之臣时，并不知晓都官尚书孔范、散骑常侍王瑳、王仪、御史中丞沈瓘的罪行，所以他们得以幸免；等到抵达长安后，他们的罪行全部败露，乙未日，隋文帝公布他们的罪恶，将他们流放到边远地区，以此向吴、越地区的百姓谢罪。王瑳为人刻薄贪婪，嫉妒陷害有才能的人；王仪善于阿谀奉承、谄媚逢迎，曾进献两名女子来谋求皇帝的亲近；沈瓘为人阴险残忍、苛刻严酷，言语邪僻谄媚，所以三人一同获罪。
隋文帝给予陈叔宝十分优厚的待遇，屡次召见他，官阶等同于三品；每次设宴，担心触动他的伤心事，都不演奏吴地的音乐。后来监管陈叔宝的人上奏说：“陈叔宝说，‘我既然没有官阶爵位，却常常参与朝会，希望能得到一个官号。’” 隋文帝说：“陈叔宝真是毫无心肝！” 监管的人又说：“陈叔宝经常喝醉，很少有清醒的时候。” 隋文帝问：“他每天喝多少酒？” 回答说：“他和子弟们每天要喝一石酒。” 隋文帝大为震惊，下令节制他的饮酒量，不久又说：“随他的性子吧；不然的话，他靠什么打发日子！” 隋文帝因陈氏宗室子弟众多，担心他们在京城滋生事端，于是将他们分散安置到边境各州，分给他们田地产业让他们谋生，每年按时赏赐衣服，以此保全他们。
隋文帝下诏任命陈朝尚书令江总为上开府仪同三司，仆射袁宪、骠骑将军萧摩诃、领军将军任忠都为开府仪同三司，吏部尚书吴兴人姚察为秘书丞。隋文帝赞赏袁宪的高尚节操，下诏称赞他是江东地区士大夫的表率，任命他为昌州刺史。隋文帝听说陈朝散骑常侍袁元友曾屡次直言劝谏陈叔宝，于是提拔他为主爵侍郎。隋文帝对群臣说：“平定陈国之初，我后悔没有杀掉任蛮奴。他接受朝廷的荣华富贵，身负重任，却不能战死殉国，反而说‘无能为力’，这和春秋时期弘演为卫懿公纳肝而死的忠义相比，相差何其遥远！”
隋文帝见到周罗睺，对他加以安慰晓谕，许诺给他富贵。周罗睺流泪回答说：“臣蒙受陈氏的厚恩礼遇，如今本朝覆灭，我没能保全节操。得以保住性命，已是陛下的恩赐，哪里还敢奢望富贵！” 贺若弼对周罗睺说：“听说你在郢州、汉水一带统领兵马时，我就知道扬州一定可以攻取。我军顺利渡江，果然如我所料。” 周罗睺说：“若是能和你一决高下，胜负还未可知。” 不久，隋文帝任命周罗睺为上仪同三司。此前，陈朝将领羊翔曾归降隋朝，讨伐陈国时，让他担任向导，战后官至上开府仪同三司，官阶在周罗睺之上。韩擒虎在朝堂上戏弄周罗睺说：“你不懂得随机应变，如今官阶反而在羊翔之下，能不感到羞愧吗！” 周罗睺说：“从前在江南时，我久闻你的美名，以为你是天下有气节的义士；今日你所说的话，实在让我大失所望。” 韩擒虎面露愧色。
隋文帝斥责陈朝君臣时，唯独陈叔文面露得意之色。不久他又上表为自己陈述：“从前在巴州时，我就已经率先向朝廷表示归降，恳请陛下知晓此情，希望能给予我不同于常人的待遇！” 隋文帝虽然厌恶他的不忠，但为了怀柔江东地区，还是任命他为开府仪同三司，出任宜州刺史。
起初，陈朝散骑常侍韦鼎出使北周，见到隋文帝后，认为他非同寻常，对隋文帝说：“你定会大富大贵，富贵之后天下将会统一，十二年之后，老夫将会向你归顺称臣。” 等到陈朝至德初年，韦鼎担任大府卿时，变卖了所有的田地住宅，大匠卿毛彪问他原因，韦鼎说：“江东的帝王之气，到此就穷尽了！我和你将来都会葬在长安。” 等到陈国平定，隋文帝征召韦鼎为上仪同三司。韦鼎是韦睿的孙子。
壬戌日，隋文帝下诏说：“如今天下统一，众生各得其所；太平盛世的法令，才可以得以推行。凡是我的臣民，都要洁身自好、修养德行，家家自我修持，人人克制私欲。军队可以树立威望，但不能不加以收敛；刑罚可以辅助教化，但不能专断滥用。除了皇宫禁卫、四方镇守的军队之外，其余的军旅装备，都应当停止置办、予以废除。世道已经太平，天下无事，军人子弟都可以学习儒家经典；民间的兵器铠甲，全部予以销毁。将此诏令颁告天下，让所有人都知晓朕的心意。”
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贺若弼撰写了自己平定陈国的计策，呈献给隋文帝，称其为《御授平陈七策》。隋文帝不予审阅，说：“你是想宣扬我的名声，我并不追求虚名；你应当把这些计策收录到自家的家传之中。” 贺若弼的地位声望十分显赫，兄弟都被封为郡公，担任刺史、将军等职，家中的珍贵玩物数不胜数，身穿罗绮的婢妾有几百人，当时的人都羡慕他的荣耀。后来突厥使者前来朝见，隋文帝对使者说：“你听说过江南有个陈国天子吗？” 使者回答：“听说过。” 隋文帝命左右侍从带领突厥使者来到韩擒虎面前，说：“这就是生擒陈国天子的人。” 韩擒虎神色严厉地盯着使者，突厥使者惶恐不安，不敢抬头仰视。
左卫将军庞晃等人在隋文帝面前诋毁高颎，隋文帝大怒，将他们全部贬黜，对高颎的亲近礼遇越发深厚。隋文帝于是对高颎说：“独孤公，就像一面镜子，每次经过磨砺擦拭，就会更加皎洁明亮。” 起初，高颎的父亲高宾曾是独孤信的僚属，被赐姓独孤氏，所以隋文帝常常称呼高颎为独孤公，而不直呼其名。
乐安公元谐，性情豪爽侠义，有气概风度。年少时和隋文帝一同求学，交情十分深厚，等到隋文帝登基后，元谐历任显要官职。元谐喜欢抨击诋毁他人，不会讨好君主身边的亲信。他和上柱国王谊交好，王谊被诛杀后，隋文帝渐渐疏远猜忌他。有人告发元谐和堂弟上开府仪同三司元滂、临泽侯田鸾、上仪同三司祁绪等人图谋造反，隋文帝下令有关部门核查验证，相关部门上奏说：“元谐谋划让祁绪率领党项士兵截断巴、蜀的交通要道。此外，元谐曾和元滂一同拜见陛下，元谐私下对元滂说：‘我才是这里的主人，殿上的那个人是反贼。’还让元滂观察云气，元滂说：‘他头顶的云气形状像蹲伏的狗和奔跑的鹿，比不上我们的云气有福德。’” 隋文帝勃然大怒，元谐、元滂、田鸾、祁绪都被处死。
闰月己卯日，隋文帝任命吏部尚书苏威为尚书右仆射。六月乙丑日，任命荆州总管杨素为纳言。
朝廷内外都请求隋文帝举行封禅大典，秋季七月丙午日，隋文帝下诏说：“岂能因为命令一位将军消灭了一个小国，远近之人关注此事，就认为天下已经太平。凭朕微薄的德行去祭祀名山，用虚妄的言辞去求告上天，这不是朕所愿意听闻的。从今以后，凡是提及封禅的，应当立即予以禁止。”
左卫大将军广平王杨雄，深受隋文帝的宠幸，地位显贵，和高颎、虞庆则、苏威并称为四贵。杨雄为人宽容，礼贤下士，朝野上下都倾心归附他，隋文帝厌恶他深得人心，暗中猜忌他，不想让他掌管兵马；八月壬戌日，任命杨雄为司空，实际上是剥夺了他的兵权。杨雄既然没有实际职务，于是闭门谢客，不再和外人交往。
隋文帝登基之初，柱国沛公郑译请求修订雅正的音乐，隋文帝下诏命太常卿牛弘、国子祭酒辛彦之、博士何妥等人商议此事，结果多年未能决断。郑译说：“古代的音乐有十二律，循环交替作为宫调，每律各用七声，世人都不能通晓其中的规律。” 郑译因龟兹人苏祗婆擅长弹奏琵琶，才得以掌握这种音律方法，进而推演出十二均、八十四调，用来校正太常寺所演奏的音乐，发现太常寺的乐律全都与之不符。郑译又在七音之外另立一声，称之为应声，还撰写文章在朝廷上公布。他又和邳公世子苏夔商议用累积黍粒的方法确定音律的标准。
当时的人都认为音律之学长久以来无人通晓，不是郑译、苏夔一朝一夕就能确定的。隋文帝素来不喜欢学问，而牛弘又不精通音律，何妥耻于自己身为资深儒者，反而比不上郑译等人，常常想要阻挠破坏他们的修乐之事，于是提出异议，反对十二律循环为宫以及七调的说法，朝中官员争相提出不同意见，各自结成朋党；有人提议让他们各自制作乐曲，等完成后，选择其中好的加以采用。何妥担心乐曲制成后，优劣容易分辨，于是请求隋文帝陈设乐队进行演奏测试，他先对隋文帝说：“黄钟律声象征着君主的德行。” 等到演奏黄钟调的乐曲时，隋文帝说：“乐曲雄浑和谐、典雅优美，非常契合我的心境。” 何妥于是上奏请求只采用黄钟这一个宫调，不必再用其他律调。隋文帝十分高兴，采纳了他的建议。
当时还有一位乐工名叫万宝常，精通钟律之学。郑译等人制成黄钟调的乐曲后，上奏给隋文帝，隋文帝召见万宝常询问意见，万宝常说：“这是亡国之音啊。” 隋文帝听后很不高兴。万宝常请求用水尺作为确定音律的标准，来调校乐器，隋文帝采纳了他的建议。万宝常制造了各种乐器，其声调比郑译所定的调式低两个律，他对乐器的增减修改，多得难以计数。他所制乐曲的声调清雅淡远，不被当时的人所喜爱，太常寺中擅长音律的人大多排挤诋毁他。苏夔尤其忌恨万宝常，苏夔的父亲苏威当时正执掌朝政，凡是谈论音乐的人都依附苏威，而贬低万宝常，万宝常所创制的乐律最终被苏威压制，未能得以推行。
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等到平定陈国后，隋朝缴获了宋、齐两朝的旧乐器，以及江东地区的乐工，隋文帝下令让他们在宫廷中演奏，感叹道：“这才是华夏的正统雅乐啊。” 于是将五音调整为五夏、二舞、登歌、房内等十四种调式，用于朝会、祭祀等礼仪场合。隋文帝还下诏让太常寺设置清商署，专门掌管这些雅乐。
当时天下已经统一，历代的器物都汇集到了乐府。牛弘上奏说：“中原地区的传统雅乐，大多保存在江东。先前攻克荆州得到了后梁的乐律，如今平定蒋州又获得了陈朝的乐律。根据史书记载传承，这些乐律都符合古制，请求加以修整辑录，以完备雅乐。而北魏以及北周所使用的乐律，掺杂了边疆部族的音乐，都不能再沿用，请求全部停用。” 冬季十二月，隋文帝下诏命牛弘和许善心、姚察以及通直郎虞世基一同参订雅乐。虞世基是虞荔的儿子。
己巳日，隋文帝任命黄州总管周法尚为永州总管，负责安抚岭南地区，拨给他黄州三千五百名士兵作为亲随卫队，陈朝桂州刺史钱季卿等人都前往周法尚处归降。定州刺史吕子廓占据山洞，拒不接受隋朝的命令，周法尚率军攻打并斩杀了他。
隋文帝任命驾部侍郎、狄道人辛公义为岷州刺史。岷州当地的风俗十分畏惧瘟疫，只要有一人染上瘟疫，全家都会躲避，因此患病的人大多死去。辛公义下令将所有病人都抬到自己的官署厅堂中，盛夏时节，病人有时多达几百人，厅堂和廊下都被挤满。辛公义在厅堂中铺设床榻，日夜都待在病人中间，用自己的俸禄购置医药，还亲自去慰问照料。等到病人痊愈后，他才召集他们的亲属晓谕说：“生死自有天命，瘟疫哪里会相互传染！若是真能传染，我早就死了。” 亲属们都惭愧道歉后离去。此后当地再有人患病，都争相前往刺史官署求医，他们的家人亲属也会坚持留下照料，人们之间开始相互关爱，畏惧瘟疫的风俗就此改变。后来辛公义调任并州刺史，刚到任，就先到监狱中露天而坐，亲自查验审问囚犯。十几天的时间里，就把积压的案件全部判决发落完毕，才返回官署处理新的诉讼。所有案件都能当即决断；若是有尚未审结、必须关押的犯人，辛公义就住在官署厅堂里，始终不回内室。有人劝谏他说：“处理公务都有固定程序，刺史何必如此辛苦自己！” 辛公义说：“我身为刺史却没有德行，不能让百姓不发生诉讼，又怎能把犯人关在狱中，自己却在家中安睡呢！” 罪犯们听闻这话，都主动认罪服法。后来再有要打官司的人，乡里的父老就会立刻开导他们说：“这都是小事，怎能忍心劳累刺史大人！” 打官司的人大多会相互谦让，放弃诉讼。
高祖文皇帝上之上开皇十年（庚戌，公元 590 年）